胃肠道感染临床上表现为腹泻，常伴有呕吐，很快引起新生儿急性感染性腹泻。大便外观(可与母乳喂养新生儿的正常大便相同)可提示致病菌。血性和粘液性便提示结肠炎，通常由致病性大肠杆菌(EIEC)，沙门菌，志贺菌或空肠弯曲菌引起。相反，大量的水样便，甚至婴儿禁食时仍然持续则提示由肠毒素性细菌[如产毒性大肠杆菌(ETEC)]或病毒(如轮状病毒)引起的分泌性腹泻。脱水可以是轻度(≤病例的5%)，仅表现为口腔粘膜干燥;中度脱水(病例的7%～10%)，可表现为皮肤弹性下降，眼眶和囟门凹陷;重度脱水(≥病例的10%)，常伴有低血容量性休克。由于新生儿肾脏浓缩机制尚不成熟，通常直至脱水的晚期才表现出少尿。电解质紊乱和代谢性酸中毒可导致行为异常(如嗜睡或激惹)或少见的并发症(如心律失常，颅内出血和肾静脉栓塞)。菌血症败血症可发生继发于由肠道病原体或正常肠道菌丛引起的胃肠炎(如沙门菌，志贺菌或空肠弯曲菌)的菌血症，而且可引起败血症或局部感染。败血症的症状通常很轻微和无特异性(新生儿败血症)。坏死性小肠结肠炎也是细菌性或病毒性胃肠炎的并发症之一。